В «Программе» было запланировано 48 экспериментов. Объем исследований и экспериментов, запланированных в период МКС-16 претерпел существенные изменения: не было выполнено 5 экспериментов и дополнительно были включены 9 экспериментов. В результате на этапе МКС-16 выполнялось 52 эксперимента, из них 11 – контрактных по заказу ЕКА, JAXA и DLR.
На спускаемых аппаратах ТПК «Союз ТМА-10» и «Союз ТМА-11», а также на ОК «Атлантис»(STS-122/1Е) и «Индевор» (STS-123/1J/A) на Землю было возвращено 40,19 кг с результатами экспериментов по программе экспедиции МКС-16.
Кроме реализации программы исследований шестнадцатой основной экспедиции, российские космонавты приняли участие в выполнении программ других экспедиций: ЭП-13, ЭП-14.