В рамках настоящей программы определяется общее количество экспериментов и исследований, выполняемых как на существующем научном оборудовании, так и с учетом вновь доставляемой научной аппаратуры на борт РС МКС из созданного научной кооперацией задела. Перечень экспериментов для конкретной основной экспедиции формируется в зависимости от готовности научной аппаратуры, а также ресурсов РС МКС, определяемых программой полета станции и может включать в себя как продолжающиеся (начатые в предыдущих экспедициях), так и новые эксперименты. Из-за проблем с работоспособностью аппаратуры, недостаточного финансирования предполетной подготовки научного оборудования на часть незавершенных экспериментов не поступили заявки от постановщиков экспериментов для включения в годовую программу реализации в 2006 году. В настоящее время продолжается реализация экспериментов по восьми направлениям исследований из одиннадцати имеющихся в долгосрочной программе научно-прикладных исследований на РС МКС. По направлениям "Изучение планет и малых тел Солнечной системы" и "Внеатмосферная астрономия" подготовленных к реализации экспериментов пока нет.
Грузопоток для реализации программы обеспечивается российскими грузовыми и транспортными кораблями. При переносах дат пусков кораблей возможно оперативное перераспределение доставляемого (возвращаемого) научного оборудования и расходуемых материалов с корректировкой при необходимости сроков проведения научных экспериментов.
Время на выполнение научной программы складывается как из официального квотируемого времени для операций с полезными нагрузками, так и времени работы экипажа по выполнению экспериментов в личное время (по Task List). Также предполагается продолжить максимально возможное совмещение работ с научной аппаратурой и операций по служебному борту. Коммерческие эксперименты, проводимые на РС МКС на контрактной основе, планируются за счет квоты российской программы НПИ. В 2006 году для реализации российской научной программы требуется 407 часов, квота составляет 230 часов.